Ateizm, czyli negacja istnienia Boga – a zwłaszcza ateizm teoretyczny – w odróżnieniu od antyteizmu nie zwalcza programowo religii. Ma swoje źródło w filozofii materialistycznej, bazującej na osiągnięciach nauk przyrodniczych, a głoszącej, że istnieje tylko materia. Truizmem jest stwierdzenie, że osiągnięcia nauk przyrodniczych, za pośrednictwem techniki, technologii, informatyki i telekomunikacji, stanowią obecnie główny czynnik powodujący gwałtowne zmiany w otaczającym nas świecie. Zmiany te są tak głębokie, że narody nienadążające za nimi są spychane na margines społeczności światowej.
Podstawowym założeniem metody badawczej stosowanej w naukach przyrodniczych jest przekonanie, że wszystko można wyjaśnić w sposób naturalistyczny, bez odwoływania się do czynników ponadnaturalnych. Inaczej mówiąc, nauki te prowadzą badania tak, jakby Bóg nie istniał. Nauki przyrodnicze odnalazły swoją tożsamość, gdy zrezygnowały ze stawiania pytań, na które nie są w stanie udzielić odpowiedzi. U podstaw więc ich ogromnych sukcesów leży idea samoograniczenia. Co więcej, metodologia (nauka o metodach badań) nauk przyrodniczych uznaje tylko te hipotezy, które są weryfikowalne doświadczalnie.
Już w XVII wieku niektóre środowiska intelektualne zachwyciły się osiągnięciami nauk przyrodniczych. Sprowokowało to nieuzasadnioną zamianę założenia metodologicznego tych nauk, wyrażającego się w słowach: Należy prowadzić badania przyrody, jakby nic poza nią nie istniało, na założenie metafizyczne: Nic nie istnieje poza przyrodą i materią. W ten sposób narodził się nowożytny materializm (zwany także materializmem naukowym), czyli doktryna głosząca, że istnieje tylko materia i wobec tego wszystko na świecie jest rezultatem działania praw fizyki i ślepego przypadku.